Une infection peut-elle laisser des traces longtemps après sa guérison apparente ? Ce que dit l’Institut Pasteur
Le 16 septembre 2026, l’Institut Pasteur a publié, dans son rapport annuel, un dossier qu’il nous a semblé important de partager avec vous : « The long-term reality of infectious diseases and pathogens », autrement dit, ce que l’on sait aujourd’hui des conséquences durables des maladies infectieuses.
Ce texte ne parle pas directement de la maladie de Lyme. Il parle surtout du Covid long. Mais il pose une question qui nous concerne tous, à France Lyme : et si une infection ne s’arrêtait pas vraiment le jour où l’on se sent guéri ?
L’idée reçue : on guérit, un point c’est tout
On nous a longtemps expliqué les maladies infectieuses de façon assez simple : un microbe entre dans le corps, on tombe malade, le système immunitaire (avec ou sans l’aide d’un traitement) prend le dessus, et la maladie disparaît. Fin de l’histoire.
C’est vrai dans beaucoup de cas.. mais pas dans tous.
Les chercheurs de l’Institut Pasteur le rappellent : les effets d’un agent infectieux peuvent aller bien au-delà de la phase où l’on est officiellement « malade ». On commence tout juste à comprendre certains de ces effets
Et c’est le Covid long qui a le plus fait bouger les lignes sur ce sujet ces dernières années.
Le Covid long, un révélateur
Des milliers de personnes ont continué à souffrir, des mois après leur infection au Covid-19 : fatigue écrasante, troubles de la mémoire et de la concentration, essoufflement, palpitations, troubles digestifs, problèmes de peau…
Ce qui a changé, ce n’est pas l’existence de ces symptômes ; personne ne la conteste plus aujourd’hui. Ce qui change, c’est qu’on cherche enfin sérieusement à comprendre ce qui les provoque.
Le virus peut-il rester caché dans le corps ?
C’est une des pistes que l’Institut Pasteur détaille. Et elle est troublante.
Des travaux publiés en 2023 ont montré que le SARS-CoV-2 pouvait se maintenir dans les poumons de certaines personnes jusqu’à 18 mois après l’infection. D’autres recherches menées à Pasteur ont observé une inflammation persistante au niveau du nerf olfactif, plusieurs mois après la maladie.
Plus récemment encore, des chercheurs ont retrouvé de l’ARN viral dans le système nerveux d’animaux, 80 jours après l’infection, avec des signes indiquant que le virus continuait, à bas bruit, à infecter certaines cellules.
Autrement dit : dans certains cas, le virus ne part pas vraiment. Il se fait discret.
Et le cerveau, dans tout ça ?
Les chercheurs se sont aussi penchés sur les conséquences de cette présence virale prolongée. Dans leurs modèles, ils ont observé un dérèglement de certains gènes liés au fonctionnement des neurones, notamment ceux impliqués dans la dopamine, ce neurotransmetteur essentiel à la mémoire, à la motivation et aux émotions.
Ce genre de découverte est important car il donne enfin une explication biologique possible à des symptômes que l’on avait tendance, faute de mieux, à qualifier de « psychologiques » ou d’« inexpliqués ».
Un symptôme, plusieurs causes possibles
Un point nous paraît essentiel à retenir de ce dossier : il n’y a sans doute pas UNE explication unique aux maladies post-infectieuses.
La persistance du virus est une piste. Mais il en existe d’autres, tout aussi sérieuses : une inflammation qui ne s’éteint pas, un système immunitaire qui reste en état d’alerte, des tissus abîmés qui peinent à se réparer, des cellules dont le fonctionnement reste durablement perturbé.
Ces mécanismes ne s’excluent pas les uns les autres. Ils peuvent très bien coexister chez une même personne. C’est d’ailleurs ce que l’Institut Pasteur met en avant : comprendre ces maladies demande de croiser recherche fondamentale, observation clinique et suivi des patients sur le long terme.
Et la maladie de Lyme, dans tout ça ?
Soyons clairs : ce dossier ne prouve rien concernant une éventuelle persistance de Borrelia chez les personnes atteintes de Lyme long. Ce n’est pas son sujet.
Mais il fait quelque chose d’important pour nous : il légitime la question. Il montre que se demander « pourquoi est-ce que je reste malade après une infection soignée ? » n’a rien d’absurde ni de marginal, c’est même devenu un vrai sujet de recherche, avec des résultats concrets à la clé.
Rappelons que depuis février 2025, la Haute Autorité de santé reconnaît officiellement l’existence de symptômes persistants après une borréliose de Lyme pourtant traitée. Elle a même donné un nom à ce syndrome : le PTLDS (Post-Treatment Lyme Disease Syndrome), et recommande une prise en charge personnalisée et pluridisciplinaire pour ces patients. (HAS)
La grande question reste ouverte : pourquoi certaines personnes restent-elles malades après le traitement ? Un système immunitaire qui s’emballe ? Des tissus abîmés par l’infection initiale ? Une bactérie qui, comme le virus du Covid, saurait se faire oublier quelque part dans l’organisme ? Des co-infections qui persistent, faute de diagnostic et de traitement adapté ?
Aujourd’hui, personne n’a la réponse définitive. Et c’est justement pour ça qu’il faut continuer à chercher.
Chercher, même sans réponse immédiate
Il y a une phrase, dans ce dossier de l’Institut Pasteur, qui nous a particulièrement marqués : la science n’avance pas seulement par des découvertes spectaculaires. Elle avance par tâtonnements, par hypothèses qu’on teste, qu’on abandonne parfois, qu’on reprend autrement. Les plus grandes avancées viennent souvent de chercheurs qui ont accepté d’explorer des pistes qui, au départ, ne semblaient pas évidentes.
Pour les patients atteints de maladies post-infectieuses, ce message compte. Ne pas avoir encore toutes les réponses ne veut pas dire qu’il faut arrêter de poser des questions.
Ce que France Lyme retient de tout cela
La reconnaissance officielle du Lyme long a été une étape importante. Mais une étape n’est pas une arrivée.
Pour les personnes qui vivent depuis des mois, parfois des années, avec des symptômes invalidants, ce qui compte vraiment, ce sont des solutions concrètes.
C’est pourquoi France Lyme continue de demander que les moyens consacrés à la recherche permettent d’étudier, sans a priori, toutes les pistes sérieuses : cohortes de patients suivies dans la durée, recherches sur les mécanismes immunitaires et inflammatoires, exploration des différentes hypothèses de persistance ou de dérèglement après l’infection.
Le Covid long l’a montré : une maladie post-infectieuse peut obliger à revoir des idées qu’on croyait acquises sur les infections. Et il rappelle une évidence qu’on ne répétera jamais assez : chercheurs, médecins et patients doivent avancer ensemble.
Comprendre ce qui se passe après l’infection, c’est aujourd’hui l’un des grands chantiers de la médecine des maladies infectieuses. Pour le Lyme long, France Lyme continuera à porter cette exigence simple : chercher, comprendre, et construire enfin des réponses thérapeutiques pour celles et ceux qui restent malades.
Source principale : Institut Pasteur, « The long-term reality of infectious diseases and pathogens », rapport annuel 2025, publié le 16 septembre 2026.
